Setelah mengakhiri kariernya di militer, Wikanda beralih profesi menjadi pegawai negeri sipil. Meski demikian, ia tidak pensiun dari kemiliteran hingga tahun 1996. Jabatan sipil pertamanya adalah sebagai kepala inspektorat Kabupaten Bekasi. Sebagai kepala inspektorat, Wikanda memerintahkan penutupan empat lokasi galian tanah liar di kabupaten tersebut. Beberapa bulan kemudian, Wikanda ditunjuk sebagai ketua Dewan Pimpinan Daerah Golkar di Kabupaten Bekasi. Ia kemudian memperoleh kenaikan pangkat terakhir sebagai kolonel pada tanggal 19 Juli 1995, beberapa bulan sebelum ia pensiun sebagai perwira militer.
Pada pemilihan umum legislatif tahun 1997, Wikanda dicalonkan sebagai anggota DPRD Kabupaten Bekasi pada nomor teratas. Ia terpilih sebagai anggota dewan dan didapuk menjadi Ketua DPRD Bekasi, menggantikan Abdul Manan. Beberapa waktu setelah terpilih sebagai ketua dewan, nama Wikanda santer disebut sebagai salah satu calon wali kota Bekasi, yang pada saat itu baru diresmikan sebagai kota otonom yang terpisah dari Kabupaten Bekasi. Namun, beberapa waktu kemudian, ia membatalkan pencalonan dirinya sebagai wali kota.
Setelah mengundurkan diri sebagai calon Wali Kota Bekasi, Wikanda kemudian dicalonkan dan terpilih sebagai Bupati Bekasi oleh DPRD Bekasi. Ia dilantik sebagai bupati pada tanggal 9 November 1998. Pada masa awal pemerintahannya, Wikanda menghadapi ketidakstabilan politik akibat tuntutan-tuntutan masyarakat yang berasal dari gerakan Reformasi. Pada tanggal 28 Desember 1998, Wikanda mengeluarkan perintah pemindahan pusat pemerintahan Kabupaten Bekasi ke wilayah Cikarang untuk mengembangkan pembangunan di wilayah timur Bekasi.